86 - Las Vegas
Le lapin de Dewey est énorme (plus de 32 kg) car Reese le nourrit sans cesse. Pour se faire pardonner, Reese inscrit le lapin à un concours de niveau national qui se déroule à Las Vegas. Toute la famille part donc en voyage. Mais Reese vend par erreur le lapin à un restaurant. Dewey va tout faire pour sauver son lapin. De son côté, Malcolm apprend à ses parents qu'ils lui gachent la vie. C'est la raison pour laquelle il ne leur avait pas dit qu'il avait remporté le premier prix au concours des sciences. Loïs le prend très mal. Pour se faire pardonner, Malcolm emmène Loïs voir son chanteur préféré avec des places au premier rang. Hal, quand à lui, est à la recherche d'une machine à sous, persuadé de gagner le jackpot, suite à un rêve prémonitoire.

87 - Les baby-sitters (en surveillant le bébé)
Alors qu'ils devaient surveiller Jamie, Reese, Malcolm, et Stevie sont sortis avec 3 filles à qui on avait posé un lapin à la soirée dansante de l'école. Dewey raconte à Jamie une histoire exagérée basée sur ses conflits les plus intérieurs. Hal lance une rebellion contre Craig.

88 - Le journal intime (au revoir Kitty)
Personne ne veut avouer à Stevie que ses parents ont divorcé depuis deux mois jusqu'à ce que Reese vende la mèche. Par la suite, Stevie est complètement démoralisé et se traine comme une légume. Malcolm va essayer de lui remonter le moral. De son côté, Reese a découvert un mystérieux journal intime dans son cartable. Il tombe amoureux de son auteur et cherche à découvrir à quelle fille de son lycée il appartient. En fait, il s'agit de Loïs, sa mère. Dewey regresse dans l'enfance pour attirer plus l'attention de ses parents.
note: La Fox n'a pas eu d'autre choix que de faire partir Kitty (Merrin Dungey) de la série, puisque ABC a refusé que Merrin apparaisse encore dans Malcolm.

89 - Le grand chef (Thanksgiving)
Malcolm s'est éclipsé de la fête familiale de Thanksgiving pour aller à une soirée. Reese devient grossier avec Hal et Dewey alors qu'il tente de préparer le diner de Thanksgiving.

90 - Caméra cachée (Malcolm filme Reese)
Malcolm a choisi Reese comme sujet pour son projet de fin de premier semestre en Psychologie Anormale. Dewey se met à gagner de l'argent en étant artiste de rue.

91 - Cachotteries (le travail de Malcolm)
Malcolm obtient un job dans la superette où travaille Loïs. Il doit charger des colis. Il est choqué de découvrir que Loïs fume. Elle lui fait promettre de ne rien dire. Pendant ce temps, Dewey fugue au ranch de Francis, car il en a marre de Reese et de Malcolm. Hal est très occupé: il parie en secret et inscrit Jamie à des compétitions de bébé.

92 - Mes beaux sapins (les arbres de Noël)
Hal et les garçons cassent les prix de leurs arbres de Noël pour dépasser les ventes d'une église voisine. Des amis assez turbulents de Otto s'incruste au ranch, rappelant à Francis les doux souvenirs du temps où il était chez ses parents.

93 - C'est la fête! (la fête de quartier)
Comme chaque année, le week-end où la famille de Malcolm est absente, leurs voisins ont une fête: "les Wilkerson sont absents". Mais les Wilkerson reviennent plus tôt que prévu. Reese et Dewey mettent au point un plan pour gagner de l'argent, en laissant tous les enfants torturés par Reese prendre leur revanche. Hal et Loïs s'inscrivent à une compétition de "mangeurs de kielbasa". Et Malcolm aide sans s'en rendre compte un voleur. Mais cet épisode finit par un surprenant retournement de situation.

94 - Rubrique lubrique (un magasine cochon)
Ce mois-ci, c'est Malcolm qui est rédacteur en chef du magasine littéraire du lycée, que personne ne lit. Une fille lui propose une nouvelle de son cru, qu'il trouve géniale. Mais le directeur interdit la parution de cette nouvelle, car elle contient trois gros mots (suck my dick). Malcolm alerte alors la ligue des droits de l'homme, et une armée d'avocats décident de prendre en charge l'affaire. Le directeur fait alors du chantage sur Malcolm, en supprimant tous les activités extra-scolaires du lycée, jusqu'à ce que Malcolm reconnaisse que la nouvelle est pornographique. De son côté, Loïs encourage Hal à avoir un flirt avec la nouvelle responsable des embauches, pour ne pas se faire virer, suite à une réduction du personnel.

95 - Le jacuzzi de la discorde (un chaud jacuzzi)
Malcolm vient de commencer la conduite accompagnée et recherche toutes les occasions pour conduire. Polly, la babysitter de Jamie, en profite pour lui faire faire un petit tour chez son ex-mari, et lui voler une urne funéraire. Dewey a enfin un ami, Noah, mais Reese le lui pique et le prend pour son nouveau petit frère. Hal vient d'acheter un jacuzzi qui coûte plusieurs mois de salaire, sans même en parler à Loïs. Celle-ci se fache et refuse de l'utiliser. Francis persuade Otto d'affronter son ex-meilleur ami à qui il avait volé Gretchen au moment où elle allait l'épouser.

96 - Le fiancé de grand-mère (le petit ami de Ida)
Malcolm s'est fait faire un piercing sur la langue et doit le cacher pendant au moins un mois. Au même moment, Ida, la mère de Loïs, arrive et annonce qu'elle va se marier à un riche chinois qu'elle a rencontré lors d'une croisière. Malcolm a alors la langue qui s'infecte, le rendant incapable de prononcer les "S". Il découvre que Ida drogue son fiancé à l'opium et aux tranquilisants. Et quand Loïs et Hal se confrontent à elle, elle les drogue avec de la nourriture. Mais par chance, son fiancé loupe une des drogues, et réalise que Ida est une femme horrible, et la quitte immédiatement. Malcolm est puni pour son piercing. Pendant ce temps, au ranch, Otto décide d'engager une troupe de théatre pour une enquète Cluedo grandeur nature. Mais ça tourne rapidement au désastre.

97 - Frapper et recevoir (baseball)
Malcolm est convaincu par Craig de jouer dans l'équipe de baseball du Lucky Aide pour échapper à sa mère. Malheureusement, cette année, c'est Loïs qui entraine l'équipe. Malcolm ne peut plus faire marche arrière. Pendant ce temps, Francis veut à tout prix que Loïs reconnaisse qu'elle a été une mauvaise mère, Reese essaye de battre le record de Francis en essayant de récupérer le maximum de siège de toilettes au dépotoir du coin, gardé par des chiens féroces et Hal candidate accidentellement à la CIA.

98 - La soeur de Loïs
Dans cet épisode, Susan, la soeur de Loïs débarque et comble ses neveux de cadeaux somptueux. Mais elle n'arrête pas de casser Loïs et refuse d'adresser la parole à Hal, à qui elle n'a jamais pardonné de l'avoir laissé tomber pour épouser Loïs. Entre les deux soeurs, ca tourne rapidement au désastre. Mais Loïs apprend par hasard que Susan a besoin d'une greffe de rein et qu'elle est un donneur compatible. Mais Susan refuse le don de Loïs.

99 - Belle-famille, je vous aime (Malcolm sort avec une famille)
Le seul jour où la famille de Malcolm s'entend bien est le jeudi soir quand ils vont tous ensemble manger à la pizzeria Luigi's. Malheureusement, ce jour- là, Loïs découvre que la pizzeria ajoute 15% au prix, pour le service, sans les avoir avertis, alors que Loïs a toujours payé de généreux pourboires. Loïs décide alors de boycoter le Luigi's, contrairement à l'avis du reste de la famille. Malcolm sort avec Angela une fille superbe, mais il s'intéresse bientôt plus à sa famille qu'à elle-même, car les parents d'Angela sont des surdoués comme Malcolm. Du coup, sans s'en rendre compte, Malcolm accepte d'aller au bal de fin d'année avec une autre fille. Otto a engagé un assistant pour Francis, qui n'en voulait pas. Mais l'assistant finit par se rendre indispensable à Francis qui ne veut plus s'en séparer.

100 - Enfin seul! (l'appartement de Reese)
Cette fois-ci, après ce que Reese a fait, la coupe est pleine, et Loïs et Hal décide de le virer. Il se retrouve seul dans son nouvel appartement. Francis est outré quand il apprend ça et fait le trajet pour convaincre ses parents de reprendre Reese. Pendant ce temps, Malcolm est requisitionné pour écrire une rédaction à la place du meilleur joueur de football de l'école afin qu'il puisse intégrer une université prestigieuse.

101 - Portes ouvertes (Malcolm visite une université)

102 - Chance et malchance (Polly)

103 - Q.I. - K.O. (Dewey en classe spécialisée)

104 - Formules magiques (une expérience)

105 - Patrimoine et générique (l'autre famille de Victor)

106/107 - La grande pagaille (Reese s'engage dans l'armée)


la sixième saison